核战爆发后，联邦理工大学的师生躲在地下室逃过了一劫，他们下定决心要将已经沦为末日的世界恢复原样。
2110年，学院组织宣告成立，他们继承了联邦理工大学的遗传学、纳米科技、电子战、机器人等尖端科技，有着拯救人类创造人类未来的宏伟目标。
最初，他们的确系统通过研究科技拯救全人类，恢复旧时的荣光，然而随着时间的推移，他们的行为却慢慢变得偏激了。
一开始学院并不是我们在游戏中看到的隔离主义者，他们还曾想组织废土上的居民们组成联合政府来重建废土。不过学院在随后的的会议上枪杀了所有来参与会议的废土居民代表。
没有人知道学院内部到底发生了什么，不过学院的隔离主义作风也从那时开始，尤其是当他们在2180年完成了分子传送机的研究后，他们就彻底封死了学院的所有入口。
学院中杰出的技术就是合成人制造，第一代合成人还能从外表上看出明显的金属骨架，第二代也只是用橡胶等材料对合成人进行包裹，但当第三代合成人被创造时，就几乎无法与正常人类分辨出来了，学院为了研发科技以及刺探废土地面上的情报，经常用合成人替换废土上的一些人类。
一开始废土居民们对此毫无察觉，直到2229年发生的钻石城合成人屠杀事件，一个渗透入钻石城的三代合成人突然失控并向周围的人们开枪，造成不少幸存者死亡。
当人们打死这个凶手的时候发现，这具尸体中并没有和他们相同的血肉，而是金属骨骼和人造器官，在那之后学院用合成人替换废土居民的恐怖故事也在联邦四处流传开来。
而学院也就放开了手脚大肆绑架废土居民用于实验，实际上他们的罪恶勾当在2178年就已经开始，因为他们当时已经开始在研究FEV病毒，而被他们绑架的居民也全部都成为了FEV的牺牲品，当这些居民开始变异就会被学院扔回联邦的废土。
实际上现在联邦区域内的合成人几乎都是被学院制造绑架的受害者，这些残暴的生物在废土上大肆杀戮，因为学院需要他们组织废土上的发展，防止幸存者们做大，威胁到学院。
所以学院也就成了联邦废土上最恶名昭彰的组织，即使是废土上的掠夺者们听到学院的名字也会瑟瑟发抖。当然这也为学员惹来了不少敌人，但是顶多能给学院的地面部队造成麻烦。
根本无法伤及学院的根本，除了分子传送之外，没人能知道学院的具体位置。
但是秦越知道，学院就在联邦理工大学的地下。
将终结者留在外面待命，秦越一行人进入到联邦理工大学内部，里面聚集的超级变种人已经被清理了。
十名终结者带着俘虏克罗格，早已等候在这里。
“将我捉到这里来的人，就是你们吧。真是令人大开眼界了，没想到联邦之上还有在科技上胜过学院的势力。你们是NCR（新加州共和国）的人，还是大山脉科技的人？”
克罗格一见到秦越三人，就猜到正主已到。
秦越没有搭理他，对诺拉说道：“现在，是你和他的时间了，诺拉。”
“谢谢你，秦先生。我会和这个杀害我丈夫，抢走我孩子的人好好算账的！”
诺拉退下动力装甲从里面走了出来，她认出了眼前的人，这个在她时常出现在她噩梦中的男子。
那个枪杀了奈特，抢走她儿子的恶棍。
秦越一挥手，立即又两个终结者上前，将克罗格的双手松开。
对方的行为让克罗格有些意外，但他明白自己的处境，就算是松绑了又怎样，那十个人的战斗力远远超过了他？他们应该也和自己一样，是被改造过的人吧？
克罗格还是第一次被人打得完全没有脾气，因此他笃定对方的科技技术在学院之上。
随着他松绑开始，所有的人都慢慢退开。
只余下一个女人在慢慢地靠近他。
这个女人，似乎有些眼熟。
昏暗的灯光中，他依稀看清楚了对方的模样。
“原来是你！”
克罗格笑了起来，左眼蜈蚣一样的刀疤狰狞得可怕，
“你突然从联邦中消失，而我差点因为这件事提前退休了。一段时间不见，你竟然加入了这样强大的势力，我想，我的老板知道了一定会很着急的。你竟然脱离了他的掌控，你跳过了前面所有的环节，直接到了最后一个考验。而且这个考验还是被抓到你面前，而不是引导着你自己去寻找。”
诺拉捏紧了拳头，美丽的面庞青筋似要爆裂。
“我的儿子尚恩，他在哪里！把我的儿子还给我！”
克罗格意味深长地说道：“哼，其实，我和你一样，只是傀儡。只不过，我的舞台比你大而已。尚恩是个好孩子……不过，可能比你想象中的年龄要大一些，但他现在人很好。只是……他不在这里，他跟真正的主使者在一起。”
“去你吗的，该死的佣兵！我的儿子，他！在！哪儿！”
诺拉就像即将喷发的火山一样，积蓄的怒火已经超出她的控制了。
但是克罗格仿佛没有在意诺拉愤怒的样子，还是不紧不慢地说道：“有句老话叫什么？远在天边，近在眼前。他一直在关注你，除了你消失的那段时间。他很安全，不需要你操心。他比你意料中的年龄要大上不少。他有一个爱他的家——学院。”
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